Wykrywanie wariantów MUC1 u pacjentów z rozpoznaniem kliniczno-patologicznym autosomalnej dominującej kanalikowo-śródmiąższowej choroby nerek

Wstęp

Autosomalna dominująca kanalikowo-śródmiąższowa choroba nerek (ADTKD) -MUC1 jest głównie spowodowana mutacjami przesunięcia ramki odczytu dzięki insercji pojedynczej zasady w regionie powtórzeń tandemowych o zmiennej liczbie (VNTR) w MUC1. Ze względu na złożoność wariantu hotspotu identyfikacja za pomocą sekwencerów krótkiego odczytu (SRS) jest trudna. Chociaż ostatnie badania wykazały przydatność sekwencerów o długim czytaniu (LRS), częstość występowania wariantów MUC1 u pacjentów z klinicznie podejrzewanym ADTKD pozostaje nieznana. Naszym celem było wyjaśnienie tej częstości występowania oraz cech genetycznych i objawów klinicznych ADTKD-MUC1 w populacji japońskiej przy użyciu SRS i LRS.

Metody

Od stycznia 2015 do grudnia 2019 przeprowadzono analizę genetyczną z użyciem SRS u 48 pacjentów z klinicznym podejrzeniem ADTKD. Dodatkowe analizy przeprowadzono za pomocą LRS u pacjentów z ujemnym wynikiem SRS.

Wyniki

Wyniki sekwencjonowania z krótkim odczytem ujawniły warianty MUC1 u 1 pacjenta z insercją cytozyny w drugiej jednostce powtórzeń regionu VNTR; jednak głębsze regiony VNTR nie mogły zostać odczytane przez SRS. Dlatego przeprowadziliśmy długą analizę sekwencjonowania 39 przypadków i wykryliśmy warianty MUC1 VNTR u 8 pacjentów (w sumie 9 pacjentów z niespokrewnionych rodzin). Uwzględniając pacjentów z rodzinami dotkniętymi chorobą (n=31), mediana wieku wystąpienia schyłkowej niewydolności nerek (ESKD) wynosiła 45 lat (95% przedział ufności: 40–40 lat).

Wniosek

W Japonii wskaźnik wykrywalności wariantów MUC1 u pacjentów z klinicznie podejrzewanym ADTKD wynosił 18,8%. Ponad 20 procent pacjentów z ujemnymi wynikami SRS miało warianty MUC1 wykryte przez LRS.

Słowa kluczowe

ADTKD; ADTKD-MUC1; sekwencjonowanie długiego odczytu; MCKD; NGS; sekwencjonowanie SMRT.

Kliknij tutaj, aby uzyskaćKorzyści Cistanche

ADTKD to grupa dziedzicznych chorób nerek charakteryzujących się postępującym zwłóknieniem cewkowo-śródmiąższowym i zanikiem kanalików prowadzących do ESKD. ADTKD można podzielić na podtypy w oparciu o leżące u podstaw defekty genetyczne, w tym nieprawidłowości w UMOD, MUC1, REN, HNF1B i SEC61A1. Biorąc pod uwagę niespecyficzność wspólnych, jednoczących cech ADTKD, w tym mdłe nieprawidłowości w osadzie moczu i białkomocz od łagodnego do ujemnego, przypuszcza się, że ADTKD jest wysoce niedodiagnozowana.

MUC1 jest transbłonową glikoproteiną silnie eksprymowaną w błonie wierzchołkowej grubego ramienia wstępującego pętli Henlego, dystalnych krętych kanalikach i przewodach zbiorczych. Najczęstszą genetyczną przyczyną ADTKD-MUC1 jest wariant przesunięcia ramki odczytu spowodowany wstawieniem pojedynczej zasady do polimorfizmu VNTR MUC1 (OMIM 158340; 1q22) w eksonie 2.5 Ta mutacja kończy syntezę białka MUC1 po regionie VNTR i tworzy nowe skrócone białko (MUC1fs), które nie ma domeny C-końcowej (ryc. 1a). MUC1fs następnie gromadzi się w cytoplazmie z powodu nieprawidłowego wewnątrzkomórkowego transportu białek. Region VNTR wykazuje znaczne zróżnicowanie międzyosobnicze, ponieważ składa się z 60-jednostek nukleotydowych, które powtarzają się od 20 do 125 razy, a każdy allel ma unikalne powtórzenia (ryc. 1b). Dlatego wykrywanie wariantów genów za pomocą SRS było trudne ze względu na złożoność wariantowego hotspotu.

Wcześniejsze badania wykorzystywały alternatywne metody, w tym spektrometrię mas i rozszerzenie sondy, jak mówi, w celu wykrycia wariantów sprawczych; jednak metody te są technicznie wymagające. Ostatnie badania wykazały przydatność LRS, które wykorzystują metodę sekwencjonowania pojedynczej cząsteczki w czasie rzeczywistym (SMRT) do identyfikacji wariantów MUC1 VNTR. Niemniej jednak warianty MUC1 VNTR nie zostały jeszcze scharakteryzowane w populacji japońskiej. Ponadto częstość występowania wariantów MUC1 u pacjentów z klinicznie podejrzewanym ADTKD pozostaje nieznana. Dlatego celem tego badania było wyjaśnienie tej częstości występowania, w tym cech genetycznych i objawów klinicznych, ADTKD-MUC1 w populacji japońskiej. Tutaj zdiagnozowaliśmy 9 pacjentów z ADTKD-MUC1, u których wykryto warianty VNTR przy użyciu SRS (n=1) lub LRS (n=8) wśród 48 klinicznie podejrzanych przypadków ADTKD.

Metody

1. Uczestnicy

Między styczniem 2015 a grudniem 2019 przeprowadziliśmy analizę genetyczną 48 pacjentów z klinicznym podejrzeniem ADTKD. Uczestnicy mieli dysfunkcję nerek z nieznanych przyczyn, z łagodnymi do ujemnych nieprawidłowościami w oddawaniu moczu. U pacjentów zdiagnozowano klinicznie ADTKD, jeśli w ich rodzinie występowała przewlekła choroba nerek i/lub hiperurykemia lub jeśli zmiany patologiczne w biopsji nerki ujawniły rdzeniastą torbielowatość nerek (poprzednie określenie ADTKD-MUC1 i ADTKD-UMOD), kanalikowo-śródmiąższowe zapalenie nerek lub przewlekłe uszkodzenie śródmiąższowe. Wykluczyliśmy pacjentów z wadami rozwojowymi nerek i/lub objawami pozanerkowymi. Próbki DNA najpierw analizowano przy użyciu SRS. Następnie przeprowadzono dalsze badania u pacjentów z ujemnym wynikiem SRS (n=39) przy użyciu LRS. Wszystkie próbki i informacje kliniczne uzyskano z japońskich szpitali referencyjnych. Analizy genetyczne wykonywano po uzyskaniu pisemnej świadomej zgody pacjentów i/lub ich opiekunów, jeśli pacjent był nieletni. Badanie to zostało zatwierdzone przez Institutional Review Board of the Kobe University School of Medicine (numer zatwierdzenia 301).

2. Sekwencjonowanie krótkiego odczytu

Genomic DNA was extracted from peripheral blood leukocytes using the QuickGene Mini 80 system (Wako Pure Chemical Industries, Ltd., Tokyo, Japan). For targeted sequencing using an SRS, samples were prepared using HaloPlex (Agilent Technologies, Santa Clara, CA) according to the manufacturer's instructions. Paired-end sequencing was performed on the MiSeq platform (Illumina, San Diego, CA). HaloPlex was used for targeted sequencing of 128 genes (version 2, Supplementary Table S1), 172 genes (version 4, Supplementary Table S2), 159 genes (version 5, Supplementary Table S3), 164 genes (version 6, Supplementary Table S4), 181 genes (version 7, Supplementary Table S5), and 183 genes (version 8, Supplementary Table S6) associated with congenital anomalies of the kidney and urinary tract, cystic kidneys, ADTKD, and nephronophthisis. The HaloPlex version used for each patient is found in Supplementary Table S7. Reads were aligned to the reference human genome (GRCh37/Hg19) using SureCall 4.0, which is a desktop application combining algorithms for end-to-end next-generation sequencing data analysis from alignment to categorization of mutations (Agilent Technologies). We excluded called variants with minor allele frequencies >1 procent w publicznie dostępnych bazach danych dotyczących odmian ludzkich, takich jak: Human Genetic Variation Database (http://www.genome.med.kyoto-u.ac.jp/SnpDB/), gnomAD (https://gnomad.broadinstitute .org/) oraz bazy danych 1000 Genomes Project (1000G) (https://www.internationalgenome.org/data). Warianty kandydujące wybrano za pomocą oprogramowania do przewidywania obliczeniowego, SIFT (https://sift.bii.astar.edu.sg/), PolyPhen{4}} (http://genetics.bwh.harvard.edu/pph2/) , Mutation Taster (http://www.mutationtaster.org/) i CADD (https://cadd.gs.washington.edu/snv), a następnie sklasyfikowane jako patogenne, prawdopodobnie patogenne lub o niepewnym znaczeniu, zgodnie z wytyczne American College of Medical Genetics and Genomics.9

3. Przygotowanie biblioteki i sekwencjonowanie długiego odczytu (sekwencjonowanie SMRT)

Amplikony połączono w stosunkach równomolowych i przygotowano do bibliotek sekwencji SMRTbell przy użyciu zestawu SMRTbell Express Template Prep Kit 2.0 (Pacific Biosciences, Menlo Park, CA) zgodnie z instrukcjami producenta. Następnie skonstruowano matrycę sekwencji przez dołączenie startera sekwencji w wersji 2 i polimerazy DNA do adapterów na obu końcach biblioteki sekwencji i matrycę załadowano do komórki SMRT. Sekwencjonowanie SMRT przeprowadzono przy użyciu systemu PacBio Sequel II z zestawem Sequel II Sequencing Kit 2.0. Zsekwencjonowane dane analizowano za pomocą SMRT Link w wersji 9.0.0 i uzyskano bardzo dokładne sekwencje konsensusowe. Następnie przeprowadzono grupowanie sekwencji przy użyciu narzędzia analitycznego „pbaa”, które jest odpowiednie do analizy powtarzających się sekwencji. Przygotowanie biblioteki, sekwencjonowanie i analizy bioinformatyczne sekwencjonowania SMRT zostały przeprowadzone przez Takara Bio (Kusatsu, Shiga, Japonia). Sekwencja nukleotydów, liczba odczytów i częstość alleli zostały skompilowane w pliku Excel dla każdego pacjenta (dane nieujawnione). Dla każdej zidentyfikowanej sekwencji ręcznie zrekonstruowaliśmy sekwencję co 60 zasad na linię, jak opisali Kirby i wsp. 5 (ryc. 1b). Ze względu na potencjalne błędy PCR w złożonej sekwencji VNTR, u każdego pacjenta wykryto wiele sekwencji. Prawidłowe sekwencje zidentyfikowano, porównując wyniki LRS z elektroforogramami amplikonów uzyskanych za pomocą bioanalizatora (tabela uzupełniająca S8). W większości przypadków 2 górne sekwencje z największą liczbą odczytów uznano za poprawne. Jednak w niektórych przypadkach sekwencje z trzecią lub niższą najczęstszą liczbą odczytów uznano za prawidłowe, jeśli ich rozmiary zostały dopasowane do pików elektroforezy wykrytych przez bioanalizator (SC449, SC511, SC534, SC560, SC566, SC593, SC616, i SC639) ze względu na nieefektywność amplifikacji PCR długich alleli, gdy wielkość regionu VNTR 2 alleli była znacząco różna.

Proszek Cistanche i ekstrakt z Cistanche

Dyskusja

Zgodnie z naszą najlepszą wiedzą jest to pierwszy raport z analizy genetycznej wariantów MUC1 VNTR wykrytych przy użyciu kombinacji SRS i LRS w kohorcie japońskiej. Zidentyfikowaliśmy mutacje MUC1 VNTR u 9 pacjentów z niespokrewnionych rodzin. Ponadto wskaźnik wykrywalności wariantów MUC1 wśród pacjentów z klinicznie podejrzewanym ADTKD wyniósł 18,8%.

Ze względu na złożoność hotspotu wariantu, wykrywanie wariantów MUC1 VNTR za pomocą rutynowej analizy genetycznej przy użyciu SRS jest trudne i zwykle wymagane są inne metody, takie jak metoda migawki lub spektrometria mas. Niestety metody te są technicznie wymagające i są wykonywane tylko w kilku laboratoriach na całym świecie.5,6 Wenzel i wsp.7 przeprowadzili sekwencjonowanie SMRT i potwierdzili wszystkie diagnozy u europejskich uczestników z 9 rodzin z wcześniej wykrytymi wariantami VNTR MUC1 przy użyciu metody migawki. Wang i wsp. 8 ujawnili również przydatność sekwencjonowania SMRT do wykrywania mutacji MUC1 VNTR w dużej chińskiej rodzinie. Niemniej jednak, ze względu na projekt badania, te 2 badania nie określiły wskaźnika wykrywalności wariantów MUC1 VNTR u pacjentów z klinicznie podejrzewanym ADTKD. W tym badaniu wyjaśniliśmy, że wskaźnik diagnostyczny wariantów MUC1 u pacjentów z klinicznie podejrzewanym ADTKD wynosił 18,8 procent, co może ułatwić dokładniejsze prawdopodobieństwa, zwłaszcza podczas poradnictwa genetycznego.

Dane dotyczące częstości występowania ADTKD-MUC1 są ograniczone, chociaż wcześniejsze badania wykazały częstość występowania ADTKD od 0,7 do 4 na milion w Stanach Zjednoczonych i Irlandii.3,13 Badanie przeprowadzone w Anglii wykazało szacunkową częstość występowania ADTKD -UMOD wynoszący 9 na milion, co sugeruje, że ADTKD-UMOD jest najczęstszą niepolicystyczną chorobą nerek.14 W naszym badaniu 9 pacjentów miało warianty MUC1, podczas gdy 6 miało warianty UMOD, co sugeruje, że ADTKD-MUC1 może być jednym z najczęstszych podtypów chorób nerek ADTKD.

Pomimo strukturalnej złożoności regionu VNTR MUC1, SRS był w stanie wykryć warianty u 3 pacjentów, z których wszyscy mieli tę samą mutację: cytozyna wstawiona do 7 kolejnych cytozyn na końcu jednostki 60-nukleotydu w drugim powtórzeniu VNTR. Założono, że warianty w płytkiej części MUC1 VNTR (do trzeciego powtórzenia VNTR) będą wykrywalne, mimo że DNA zostało pofragmentowane (100–200 par zasad na odczyt) w ramach przygotowania próbki do analizy SRS. Yamamoto i wsp. 15 zidentyfikowali inną mutację przesunięcia ramki odczytu zlokalizowaną przed regionem VNTR MUC1 przy użyciu SRS (sekwencja całego egzomu). Ta mutacja generuje również nienormalnie skrócone białko w taki sam sposób, jak mutacja umiejscowiona w VNTR.15 Wyniki te sugerują, że analiza SRS może być użyteczna do wykrywania wariantów umiejscowionych przed lub w płytkim regionie VNTR.

W naszym badaniu 7 z 9 pacjentów z wariantami MUC1 VNTR miało tę samą 60- sekwencję jednostek nukleotydowych niosącą wprowadzoną cytozynę (Tabela 2). We wcześniejszych badaniach, w których przeprowadzono długoterminową analizę genetyczną sekwencjonowania MUC1 VNTR, ten sam wariant wykryto w 9 rodzinach w europejskiej kohorcie7 i dużej chińskiej rodzinie8. Ponadto mutacja ta została wykryta za pomocą metody migawki i została zdefiniowany jako „27dupC”.12 Olinger i wsp.16 podali, że częstość występowania wariantu 27dupC wynosiła 93,5% w 2 rejestrach ADTKD w Europie i Stanach Zjednoczonych. Dzięki tym odkryciom nasze dane wskazują, że wariant 27dupC był najczęstszą mutacją MUC1 w japońskiej kohorcie.

Suplementy Cistanche

Podaje się, że liczba powtórzeń VNTR wynosi od 20 do 253; jednak w naszym badaniu liczba powtórzeń VNTR wahała się od 30 do 82, przy czym 80 procent alleli ma od 30 do 36 powtórzeń. Poprzednie badanie przeprowadzone w Europie wykazało, że odsetek alleli z 30 do 36 powtórzeniami wynosił 39 procent, co może być poparte etniczną jednorodnością populacji japońskiej. Niniejsze badanie ujawniło, że mediana wieku wystąpienia ESKD wynosiła 45 lat (95% przedziału ufności: 40–50 lat) u pacjentów z ADTKD-MUC1, w tym u pacjentów z chorobą rodzinną w kohorcie japońskiej (9 rodzin, n=31). W poprzednim badaniu oceniano 147 osób, w tym pacjentów z mutacjami MUC1 i członków ich rodzin dotkniętych chorobą, i ujawniono, że średni wiek wystąpienia ESKD wynosił 44,9 ± 15,4 lat. Wiek 104 pacjentów z ADTKD-MUC1 wynosił 36 lat (przedział międzykwartylowy: 30–46 lat), co można wytłumaczyć wyłączeniem dotkniętych chorobą członków rodziny, którzy nie przeszli analizy genetycznej.16 Ponadto u pacjentów zgłaszano różnice międzyrodzinne i wewnątrzrodzinne z wariantami MUC1,8,17,18 chociaż istnienie genów modyfikujących lub innych czynników pozostaje nieznane. W tym samym okresie badań wykryliśmy również mutacje w HNF1B, genie powodującym ADTKD, u 19 pacjentów. Niemniej jednak pacjenci z klinicznie podejrzewanymi mutacjami HNF1B zostali wykluczeni z naszego badania podczas rejestracji, ponieważ większość z tych pacjentów była klinicznie odróżnialna od pacjentów z ADTKD-MUC1 z powodu nieprawidłowości morfologicznych w nerkowym układzie moczowym i / lub autosomalnej dominującej rodzinnej historii cukrzyca o wczesnym początku i/lub hipomagnezemia, a my już wcześniej opisywaliśmy tę populację pacjentów.19 Rzeczywiście, konsensusowy raport Kidney Disease: Improving Global Outcomes i niedawny przegląd ADTKD sugerowały, że termin ADTKD-HNF1B powinien być zarezerwowany tylko dla tych przypadków którego głównym objawem jest zwłóknienie cewkowo-śródmiąższowe nerki, ponieważ tylko w kilku przypadkach występuje tylko choroba cewkowo-śródmiąższowa.1,20 Uważa się, że niedokrwistość wieku dziecięcego, łagodne niedociśnienie i łagodna hiperkaliemia są specyficznymi cechami ADTKD-REN. Niemniej jednak ostatnie międzynarodowe badanie kohortowe dotyczące charakterystyki klinicznej 111 pacjentów ADTKD-REN wykazało, że około 70 procent pacjentów zgłosiło się do instytucji medycznych z powodu przewlekłej choroby nerek lub dny moczanowej.21 Według tego raportu niedokrwistość dziecięca występowała u 75,8 procent dzieci pacjentów, ale jej nasilenie było stosunkowo łagodne; średnie poziomy hemoglobiny wynosiły 9,6, 10,1 i 10,5 g/dl dla grup wiekowych<10 years, 10 to <15 years, and 15 to <20 years, respectively.21 Although hypotension was not reported in the article, the severity of hyperkalemia was mild and the mean serum potassium level in patients who were not taking fludrocortisone was 4.8 mEq/l.21 Childhood anemia, hypotension, or hyperkalemia may often be overlooked, and they are not always specific to ADRKD-REN; thus, we did not exclude participants with these findings. ADTKD-SEC61A1 is much rare than other ADTKD subtypes, with 6 families reported as of date.22 Patients harboring SEC61A1 mutation present with specific features, such as intrauterine growth retardation, cleft palate, congenital anemia, neutropenia, and immunodeficiency.3,22 Although the clinical manifestations of ADTKD-REN have not been completely clarified owing to the small number of reported cases, patients presenting with these specific features can be clearly distinguished from those with ADTKD-MUC1.

Cistanche tubulosa

Niedawne badania mechanizmów molekularnych i komórkowych ADTKD-MUC1 ujawniły, że ten stan jest toksyczną proteinopatią spowodowaną wewnątrzkomórkową akumulacją nieprawidłowo sfałdowanego białka MUC1.11,23 Dvela-Levitt i wsp.24 opisali zastosowanie małej cząsteczki BRD4780 , aby przekierować szlak wydzielniczy do lizosomów, ujawniając, że MUC1f zostały wyeliminowane u myszy knock-in i organoidów pacjentów oraz podkreślając potencjał terapeutyczny BRD4780. W związku z tym dokładna diagnoza wariantów MUC1 może mieć kluczowe znaczenie dla opracowania skutecznych środków terapeutycznych. Nasze badanie miało kilka ograniczeń. Po pierwsze, wszyscy uczestnicy naszego badania byli Japończykami, a nasza próba była niewielka ze względu na krótki czas trwania badania. Biorąc pod uwagę retrospektywny charakter tego badania, nie byliśmy również w stanie uzyskać podłużnych informacji klinicznych, takich jak rokowanie dotyczące nerek. Po drugie, insercje pojedynczych zasad obserwowano nawet w allelach bez mutacji. Ze względu na wysoki poziom błędów trudno było uzyskać wysokiej jakości montaż w celu wykrycia wariantów pojedynczych nukleotydów lub indeli przy użyciu LRS. Konieczne było połączenie technologii sekwencjonowania w celu wykrycia wszystkich różnych rodzajów zmienności genetycznej, co zwiększa koszty i złożoność projektów. W ten sposób PacBio opracował nowy system sekwencjonowania, nazwany cyklicznym sekwencjonowaniem konsensusowym. Cykliczne sekwencjonowanie konsensusowe zapewnia odczyty o wysokiej wierności z dokładnością 99,8 procent i średnią długością 13,5 kilozasad, co drastycznie zmniejsza wskaźnik błędów sekwencjonowania.25 Ta metoda sekwencjonowania została również zastosowana w naszym badaniu. Stąd, biorąc pod uwagę poprawę dokładności sekwencjonowania, insercje pojedynczych zasad były prawdopodobnie spowodowane błędem PCR. Chociaż polimeraza DNA KOD Hot Start została zoptymalizowana do amplifikacji najtrudniejszych celów26, inne polimerazy DNA, których wierność jest wyższa niż KOD (np. Phusion), mogą przyczynić się do zmniejszenia wskaźnika błędów PCR.27 badania wykazały wolny od amplifikacji protokół ukierunkowanego wzbogacenia przy użyciu zgrupowanych, regularnie rozmieszczonych krótkich powtórzeń palindromicznych/systemu Cas9.28,29 Ta nowa metoda prawdopodobnie zapewniłaby lepsze wyniki. Po trzecie, nie zweryfikowaliśmy alternatywnej metody, która mogłaby ułatwić diagnozę, takiej jak barwienie immunologiczne próbek nerek lub komórek pochodzących z moczu. Kirby i wsp., 5 którzy jako pierwsi opisali mutację sprawczą dla ADTKD-MUC1, przeprowadzili analizę immunohistochemiczną próbek nerek od pacjentów z mutacjami MUC1. Poinformowali, że chociaż barwienie immunologiczne w normalnych kontrolach skutkowało barwieniem niespecyficznym, pacjenci z mutacjami MUC1 wykazywali specyficzny wzór barwienia wewnątrzkomórkowego w pętli Henlego, kanalikach dystalnych i przewodach zbiorczych.5 Opisano podobne analizy barwienia immunologicznego zmutowanego białka MUC1. 11,13,18,30 Yamamoto i wsp.15 wykryli zmutowane białko MUC1 w egzosomach moczu. Chociaż objawy kliniczne ADTKD-MUC1 są niespecyficzne, te niegenetyczne analizy mogą wspierać diagnozę kliniczną. Dlatego konieczne jest zweryfikowanie przydatności tych niegenetycznych analiz w połączeniu z wynikami naszego badania. Podsumowując, nasze badanie ujawnia, że ​​​​połączona analiza genetyczna z SRS i LRS jest przydatna do wykrywania wariantów MUC1 VNTR w kohorcie japońskiej i że częstość występowania ADTKD-MUC1 może być wysoka w tej populacji. Kombinowana analiza genetyczna z wykorzystaniem SRS i LRS prawdopodobnie poprawi wskaźnik diagnozy ADTKD-MUC1 i może przyczynić się do opracowania optymalnych metod leczenia.

BIBLIOGRAFIA

1. Eckardt KU, Alper SL, Antignac C i in. Autosomalna dominująca kanalikowo-śródmiąższowa choroba nerek: diagnostyka, klasyfikacja i postępowanie — raport konsensusu KDIGO. Nerki Int. 2015;88:676–683. https://doi.org/10. 1038/ki.2015.28

2. Bolar NA, Golzio C, Zivná M, et al. Heterozygotyczne mutacje powodujące utratę funkcji SEC61A1 powodują autosomalnie dominującą kanalikowo-śródmiąższową i kłębuszkowo-torbielowatą chorobę nerek z niedokrwistością. Am J Hum Genet. 2016;99:174–187. https://doi.org/ 10.1016/j.ajhg.2016.05.028

3. Devuyst O, Olinger E, Weber S i in. Autosomalna dominująca kanalikowo-śródmiąższowa choroba nerek. Podkłady Nat Rev Dis. 2019;5: 60. https://doi.org/10.1038/s41572-019-0109-9

4. Patton S, Gendler SJ, Spicer AP. Mucyna nabłonkowa, MUC1, mleka, gruczołu sutkowego i innych tkanek. Biochim Biophys Acta. 1995;1241:407–423. https://doi.org/10.1016/0304-4157 (95)00014-3

5. Kirby A, Gnirke A, Jaffe DB i in. Mutacje powodujące rdzeniastą torbielowatość nerek typu 1 leżą w dużym VNTR w MUC1 pominiętym przez masowo równoległe sekwencjonowanie. Nata Genet. 2013;45: 299–303. https://doi.org/10.1038/ng.2543

6. Ekici AB, Hackenbeck T, Morinière V i in. Zwłóknienie nerek jest częstą cechą autosomalnych dominujących kanalikowo-śródmiąższowych chorób nerek spowodowanych mutacjami mucyny 1 lub uromoduliny. Nerki Int. 2014;86:589–599. https://doi.org/10.1038/ki. 2014.72

7. Wenzel A, Altmueller J, Ekici AB i in. Sekwencjonowanie pojedynczej cząsteczki w czasie rzeczywistym w ADTKD-MUC1 umożliwia całkowite złożenie VNTR i dokładne umiejscowienie mutacji sprawczych. Przedstawiciel nauki 2018;8:4170. https://doi.org/10.1038/s41598-018-22428-0

8. Wang GQ, Rui HL, Dong HR i in. Sekwencjonowanie SMRT okazało się skuteczną metodą diagnozy ADTKD-MUC1 poprzez dalszą analizę chińskiej rodziny. Przedstawiciel nauk ścisłych 2020;10:8616. https://doi.org/10.1038/s41598-020-65491-2

9. Richards S, Aziz N, Bale S i in. Standardy i wytyczne dotyczące interpretacji wariantów sekwencji: wspólne zalecenie konsensusu American College of Medical Genetics and Genomics oraz Association for Molecular Pathology. Genet Med. 2015;17:405–424. https://doi.org/10.1038/gim.2015.30

10. Kanda Y. Badanie łatwo dostępnego, łatwego w użyciu oprogramowania „EZR” do statystyki medycznej. Przeszczep szpiku kostnego. 2013;48:452–458. https://doi.org/10.1038/bmt.2012.244

11. Robinson JT, Thorvaldsdóttir H, Winckler W, et al. Integracyjna przeglądarka genomiki. Nat Biotechnologia. 2011;29:24–26. https://doi. org/10.1038/nbt.1754

12. Zivná M, Kidd K, Pristoupilová A, et al. Nieinwazyjna diagnostyka immunohistochemiczna i nowe mutacje MUC1 powodujące autosomalną dominującą kanalikowo-śródmiąższową chorobę nerek [opublikowana korekta pojawia się w J Am Soc Nephrol. 2020;31:892]. J Am Soc Nephrol. 2018;29:2418–2431. https://doi.org/10.1681/ASN.2018020180

13. Cormican S, Connaughton DM, Kennedy C i in. Autosomalna dominująca kanalikowo-śródmiąższowa choroba nerek (ADTKD) w Irlandii. Ren Fałsz. 2019;41:832–841. https://doi.org/10.1080/ 0886022X.2019.1655452

14. Gast C, Marinaki A, Arenas-Hernandez M, et al. Autosomalna dominująca kanalikowo-śródmiąższowa choroba nerek — UMOD jest najczęstszą genetyczną chorobą nerek niezwiązaną z policystyką. BMC Nefrol. 2018;19:301. https://doi.org/10.1186/s12882-018- 1107-y

15. Yamamoto S, Kaimori JY, Yoshimura T i in. Analiza rodziny ADTKD z nową mutacją zmiany ramki odczytu w MUC1 ujawnia charakterystyczne cechy zmutowanego białka MUC1. Przeszczep tarczy nefrolowej. 2017;32:2010–2017. https://doi.org/10. 1093/ndt/gfx083

16. Olinger E, Hofmann P, Kidd K, et al. Kliniczne i genetyczne widma autosomalnej dominującej kanalikowo-śródmiąższowej choroby nerek spowodowanej mutacjami w UMOD i MUC1. Nerki Int. 2020;98:717–731. https://doi.org/10.1016/j.kint.2020.04.038

17. Bleyer AJ, Kmoch S, Antignac C i in. Zmienna prezentacja kliniczna mutacji MUC1 powodującej rdzeniastą torbielowatą chorobę nerek typu 1. Clin J Am Soc Nephrol. 2014;9:527–535. https://doi.org/10.2215/CJN.06380613

18. Ayasreh N, Bullich G, Miquel R, et al. Autosomalna dominująca kanalikowo-śródmiąższowa choroba nerek: obraz kliniczny pacjentów z ADTKD-UMOD i ADTKD-MUC1. Am J Choroba nerek. 2018;72:411–418. https://doi.org/10.1053/j.ajkd.2018.03. 019

Eri Okada1,2, Naoya Morisada1,3, Tomoko Horinouchi1, Hideki Fujii4, Takayuki Tsuji5, Masayoshi Miura6, Hideyuki Katori7, Masashi Kitagawa8, Kunio Morozumi9, Takanobu Toriyama10, Yuki Nakamura11, Ryuta Nishikomori12, Sadayuki Nagai1 , Atsushi Kondo1, Yuya Aoto1, Shinya Ishiko1 , Rini Rossanti1 , Nana Sakakibara1 , China Nagano1 , Tomohiko Yamamura1 , Shingo Ishimori1 , Joichi Usui2 , Kunihiro Yamagata2 , Kazumoto Iijima13,14, Toshiyuki Imasawa15 i Kandai Nozu1