SARS-CoV-2 Skuteczność zakażeń i szczepionek w Anglii (REAKCJA-1): seria przekrojowych losowych ankiet społecznościowych

Kontakt: Audrey Hu Whatsapp/hp: 0086 13880143964 E-mail:audrey.hu@wecistanche.com

Marc Chateau-Hyam, Haowei Wang*, Oliver Eales*, David Haw*, Barbara Bodinier*, Matthew Whitaker, Caroline E Walters, Kylie EC Ainslie, Christina Atchison, Claudio Fronterre, Peter J Diggle, Andrew J Page, Alexander J Trotter, Deborah Ashby, Wendy Barclay, Graham Taylor, Graham Cooke, Helen Ward, Ara Darzi, Steven Riley, Christl A Donnelly†, Paul Elliott†, we współpracy z konsorcjum COVID-19 Genomics UK

Streszczenie

Kontekst: Anglia doświadczyła trzeciej fali epidemii COVID {{0}} od końca 2 maja {{40}}21, co zbiegło się z szybkim rozprzestrzenianiem się delty (B. 1.617.2) wariant, pomimo wysokiego poziomu szczepień wśród dorosłych. Wskaźniki szczepień (pojedyncza dawka) w Anglii są niższe wśród dzieci w wieku 16-17 lat i 12-15 lat, których szczepienie w Anglii rozpoczęło się odpowiednio w sierpniu i 2 września 021. Naszym celem było przeanalizowanie wzorców dynamiki leżących u podstaw rozpowszechnienia SARS-CoV-2 w dniach 2021 września w Anglii. Metody: Badanie oceny transmisji społecznościowej w czasie rzeczywistym-1 (REACT-1), które rozpoczęło zbieranie danych w maju 202{{10{{128} }}}, obejmuje serię losowych badań przekrojowych w ogólnej populacji Anglii w wieku 5 lat i starszych. Wykorzystując dane o dodatnim wyniku wymazu z RT-PCR od {{20}} uczestników z ważnymi wymazami z gardła i nosa w 14 rundzie REACT-1 (9–27 września, 2021), oszacowaliśmy występowanie SARS-CoV w społecznościach -2 i skuteczność szczepionki przeciwko zakażeniom, łącząc dane z rundy 14 z danymi z rundy 13 (od 24 czerwca do 12 lipca, 2021; n{{34} }). Wyniki: W dniu 2 września 021 oszacowaliśmy średni wskaźnik dodatniości RT-PCR na 0 0,83 procent (95% CrI 0,76–0,89), z liczbą reprodukcji (R) ogółem 1,03 (95% CrI 0,94–1,14). Spośród 475 (62,2%) z 764 zsekwencjonowanych dodatnich wymazów wszystkie były wariantem delta; 22 (4,63 procent; 95 procent CI 3,07–6,91) obejmowało mutację Tyr145His w białku wypustek związanym z podlinią AY.4 i była jedna mutacja Glu484Lys. Wiek, region, status kluczowego pracownika i wielkość gospodarstwa domowego łącznie przyczyniły się do ryzyka pozytywnego wyniku wymazu. Najwyższą ważoną chorobowość zaobserwowano wśród dzieci w wieku 5–12 lat – 2,32 proc. (95% CrI 1,96–2,73) oraz dzieci w wieku 13–17 lat – 2,55 proc. (2,11–3 ·08). Epidemia SARS-CoV-2 rosła u osób w wieku 5–11 lat, z R wynoszącym 1,42 (95% CrI 1,18–1,68), ale zmniejszyła się u osób w wieku 18–54 lat, z R 0,81 (0,68–0,97). W wieku 18-64 lat skorygowana skuteczność szczepionki przeciwko infekcji wyniosła 62,8% (95% CI 49,3-72,7) po dwóch dawkach w porównaniu z osobami nieszczepionymi, dla wszystkich szczepionek łącznie 44,8% (22). ·5–60,7) dla szczepionki ChAdOx1 n Cov-19 (Oxford–AstraZeneca) i 71,3% (56,6–81,0) dla szczepionki BNT162b2 (Pfizer–BioNTech). U osób w wieku 18 lat i starszych ważona częstość występowania wymazu wynosiła 0,35 procent (95% CrI 0,31–0,40), jeśli drugą dawkę podano do 3 miesięcy przed wymazem, ale 0,55 procent ( 0,50–0,61) dla osób, które otrzymały drugą dawkę 3–6 miesięcy przed wymazem, w porównaniu z 1,76% (1,60–1,95) wśród osób nieszczepionych.Interpretacja:We wrześniu 2021 r., na początku jesiennego semestru szkolnego w Anglii, infekcje rosły wykładniczo u dzieci w wieku 5–17 lat, podczas gdy wskaźniki szczepień w tej grupie wiekowej były niskie. U osób dorosłych, w porównaniu z osobami, które otrzymały drugą dawkę mniej niż 3 miesiące temu, częstsze występowanie dodatniego wyniku wymazu po 3–6 miesiącach po dwóch dawkach szczepionki COVID-19 sugeruje zwiększone ryzyko zakażeń przełomowych w tym okresie . Program szczepień musi dotrzeć do dzieci, a także nieszczepionych i częściowo zaszczepionych dorosłych, aby ograniczyć przenoszenie SARS-CoV-2 i związane z tym zakłócenia w pracy i edukacji. Finansowanie Departament Zdrowia i Opieki Społecznej, Anglia.

korzyści zdrowotne cistanche: poprawa odporności

Wstęp

W Wielkiej Brytanii od początku pandemii wystąpił jeden z najwyższych wskaźników zakażeń SARS-CoV-2 i śmiertelności z powodu COVID-19 w Europie. Jednak Wielka Brytania była również jednym z pierwszych krajów, które wdrożyły krajowy program szczepień, począwszy od grudnia 2020 r., którego celem było początkowo objęcie populacji osób najbardziej zagrożonych, w tym osób starszych (począwszy od osób w wieku powyżej 80 lat). lat), pracownicy służby zdrowia i opieki społecznej oraz osoby z określonymi schorzeniami.1

Szybkie rozprzestrzenianie się wariantu delta (B.1.617.2) w Anglii od maja 2021 r. zbiegło się z trzecią falą infekcji2, a częstość występowania infekcji utrzymywała się na wysokim poziomie w okresie letnim i później. W sierpniu 2021 r. częstość występowania potwierdzonych metodą RT-PCR przypadków zakażenia SARS-CoV-2 zgłaszanych do krajowego programu badań w Anglii (filar 2) stopniowo rosła o ponad 10 procent.

We wrześniu 2021 r. wdrożenie krajowego programu szczepień przeciwko COVID-19 w Anglii zostało rozszerzone o podanie dawki przypominającej (trzeciej) co najmniej 6 miesięcy po drugiej dawce pracownikom służby zdrowia i opieki społecznej, wszystkim osobom starszym powyżej 50 lat i młodsze osoby zagrożone. Rozszerzenie to obejmowało również szczepienie starszych dzieci w wieku szkolnym (w wieku powyżej lub równym 12 lat), którym pierwotnie zaoferowano pojedynczą dawkę szczepionki w całej Wielkiej Brytanii. Jednak do połowy września 2021 r. liczba osób otrzymujących pierwsze dawki szczepień spadła do najniższego poziomu (w Wielkiej Brytanii średnio prawie 21000 dawek dziennie) od co najmniej połowy stycznia 2021 r. (najwcześniejsze publicznie dostępne dane). . Niemniej jednak na dzień 26 września 2021 r. prawie 90 procent osób w wieku 18 lat i starszych w Anglii otrzymało pierwszą dawkę szczepionki, ponad 83 procent otrzymało drugą dawkę, a 13 procent otrzymało trzecią dawkę szczepionki. Wśród dzieci w wieku 12-17 lat 8,9 procent otrzymało pojedynczą dawkę. Około 53 procent dorosłych zostało zaszczepionych szczepionką ChAdOx1 nCov-19 (Oxford-AstraZeneca), a 47 procent szczepionką BNT162b2 (Pfizer-BioNTech) lub mRNA-1273 (Moderna);3 wszystkie zaszczepione dzieci w wieku 12–17 lat otrzymał jedną dawkę szczepionki BNT162b2 (Pfizer–BioNTech) lub mRNA-1273 (Moderna).

Na początku września 2021 r. dzieci w wieku 5–17 lat w Anglii wróciły do ​​szkoły, a Ministerstwo Edukacji nie zalecało już, aby utrzymywać dzieci w niespójnych grupach (tzw. bańki społeczne). Ponadto od szkół nie wymagano już śledzenia kontaktów, a bliskie kontakty w szkołach zostały zidentyfikowane przez krajowy program śledzenia kontaktów (usługa Test and Trace brytyjskiej Narodowej Służby Zdrowia [NHS]).4 W ciągu pierwszego miesiąca dzieci wracały do ​​szkoły. , częstość występowania potwierdzonych przypadków SARS-CoV-2 w Anglii zarejestrowanych w filarze 2 spadła do niskiego poziomu w połowie września 2021 r., a następnie ponownie wzrosła, ale ogólnie była stosunkowo stabilna. Stanowi to wyraźny kontrast do sytuacji w Szkocji, gdzie częstość występowania potwierdzonych przypadków SARS-CoV-2 wzrosła o ponad 450 procent w sierpniu, w czasie, gdy dzieci w wieku szkolnym (w wieku 5–17 lat) w Szkocja powróciła do szkoły.5 Takie tendencje na poziomie krajowym (i bardziej lokalne) są w dużym stopniu zależne od kontekstu, w tym lokalnego rozpowszechnienia i dynamiki przenoszenia wariantu delta, powrotu do szkoły, zmian we wzorcach mieszania społecznego, pracy w domu i pracy biurowej oraz poziomy odporności wywołanej szczepionką i naturalnie nabytej.

W tym miejscu opisujemy wzorce dynamiki jazdy leżące u podstaw występowania SARS-CoV-2 we wrześniu 2021 r. w Anglii, analizując pozytywny wynik wymazu z RT-PCR z czternastej rundy zbierania danych w ramach oceny transmisji społecznościowej w czasie rzeczywistym{{ 5}} (REACT-1) badanie.6,7 W tej rundzie pobrano wymazy z gardła i nosa z losowej próby populacji Anglii od 9 do 27 września 2021 r. Połączyliśmy również dane z rundy 14 z danymi z 13. rundy, w której wymazy pobrano od 24 czerwca do 12 lipca 2021 r.

sproszkowany ekstrakt z cistanche

Metody

Badana populacja

Metody badania REACT-1 zostały omówione gdzie indziej.7 W skrócie: zbieranie danych rozpoczęło się 1 maja 2020 r., zaprosiliśmy do badania losowe próby przekrojowe populacji w Anglii (w wieku powyżej lub równym 5 lat ). Dane uzyskiwano co miesiąc przez okres 2-3 tygodni, z wyjątkiem grudnia 2020 r. i sierpnia 2021 r., kiedy nie przeprowadzono żadnych badań. W każdej rundzie zbierania danych do badania zapraszano imienne osoby z listy NHS zarejestrowanych u lekarza rodzinnego w Anglii, na podstawie list uzyskanych z NHS Digital.

Od 1 maja 2020 r. (początek 1. rundy) do 3 maja 2021 r. (koniec 11. rundy) dążyliśmy do mniej więcej równej liczby uczestników w każdej z 315 władz lokalnych niższego szczebla w Anglii (łącznie z wyspami Scilly z Kornwalią i City of London z Westminster), ale od 12. rundy (20 maja do 7 czerwca 2021 r.) zmodyfikowaliśmy procedurę pobierania próbek, aby uzyskać losową próbę proporcjonalną do populacji na niższym szczeblu władz lokalnych. Zwiększyło to próbkowanie w obszarach śródmiejskich o większej gęstości zaludnienia, chociaż raportowanie rozpowszechnienia nie miało wpływu, ponieważ zważyliśmy dane w każdej rundzie, aby były reprezentatywne dla Anglii jako całości (opisane poniżej).

Testy RT-PCR i dane dotyczące szczepień

Uczestnicy dostarczyli samodzielnie pobrane wymazy z gardła i nosa (lub rodzic lub opiekun otrzymali wymaz dla dzieci w wieku 5-12 lat) zgodnie z instrukcjami pisemnymi i wideo. Wymazy wysłano do centralnego laboratorium do analizy metodą RT-PCR. Wyekstrahowany kwas nukleinowy analizowano pod kątem obecności lub nieobecności SARS-CoV-2 za pomocą zestawu ViroBOAR 1·0 RT-qPCR (Eurofins Genomics, GmbH, Ebersberg, Niemcy) pod kątem SARS-CoV{{10 }} na Roche Lightcycler 480 II w celu równoległego wykrycia dwóch docelowych genów: genu N i genu E. Test ma swoistość bliską 100 procent i granicę wykrywalności dziesięciu kopii na mikrolitr. Próbki uznawano za pozytywne, jeśli wykryto dwa docelowe geny (gen N i gen E) lub jeśli wykryto gen N z wartością progową cyklu (Ct) mniejszą niż 37.

W 14 rundzie zmodyfikowaliśmy sposób postępowania z próbkami wymazów. Od 1 rundy (od 1 maja 2020 r.) do 13 rundy (zakończonej 12 lipca 2021 r.) używaliśmy suchych wacików wysyłanych schłodzonych do laboratorium kurierem do testów RT-PCR. W 14 rundzie przeszliśmy na mokre waciki w roztworze soli fizjologicznej, które następnie zostały losowo przydzielone w stosunku 1:1 do wysłania kurierem (n=46 705 zwróconych ważnych wymazówek) lub pocztą (n{{12} }).

W ramach badania REACT-1 uzyskaliśmy dane dotyczące wieku, płci, adresu i kodu pocztowego miejsca zamieszkania z rejestru NHS, wraz z dalszymi informacjami na temat danych demograficznych, zdrowia (w tym zgłaszanych stanów szczepień) i stylu życia na podstawie kwestionariusz online lub telefoniczny. Uczestników poproszono o zgodę na powiązanie z ich dokumentacją NHS, w tym danymi z programu szczepień COVID-19. Status szczepienia uzyskano na podstawie powiązania danych z założeniem, że jedna dawka będzie skuteczna dopiero po 14 dniach lub więcej po wstrzyknięciu. Osoby nieszczepione zostały zatem zdefiniowane jako osoby, które nie otrzymały żadnej dawki szczepionki lub otrzymały jedną dawkę mniej niż 14 dni przed wymazem; osoby zaszczepione pojedynczą dawką zostały zdefiniowane jako osoby, które otrzymały jedną dawkę 14 dni lub więcej przed wymazem i albo nie otrzymały drugiej dawki, albo drugą dawkę mniej niż 14 dni przed wymazem, a osoby, które otrzymały dwie dawki szczepionki, zostały zdefiniowane jako osoby, które otrzymały drugą dawkę 14 dni lub więcej przed wymazem.

Sekwencjonowanie genomu wirusa

Po przeprowadzeniu testu RT-PCR próbki dodatnie z wartościami Ct genu N mniejszymi niż 34 i z wystarczającą ilością materiału zostały zamrożone i przesłane do sekwencjonowania genomu wirusa w Quadram Institute, Norwich, Wielka Brytania. Do amplifikacji wirusowego RNA zastosowano protokół sekwencjonowania ARTIC SARS-CoV-28, a do przygotowania bibliotek do sekwencjonowania wykorzystano platformę CoronaHiT.9 Do analizy danych sekwencjonowania wykorzystano rurociąg bioinformatyczny ARTIC10, a linie zostały przypisane z PangoLEARN.11

Analizy statystyczne

Analizy statystyczne przeprowadzono w oprogramowaniu R (wersja R 4.0.5 (31.03.2021, Shake and Throw). Obliczyliśmy nieważoną częstość występowania SARS-CoV-2 według socjodemograficznych, zawodowych i innych grup poprzez podzielenie liczby wymazów z wynikiem dodatnim (z RT-PCR) przez liczbę zwróconych prawidłowych wymazów.Użyliśmy ważenia brzegów12, aby uzyskać częstość występowania ważoną tak, aby była reprezentatywna dla całej populacji Anglii.

Zastosowaliśmy wykładniczy model wzrostu lub zaniku, aby przeanalizować trendy dotyczące dodatniości wymazów w czasie. Przyjęliśmy, że liczba próbek dodatnich (z całkowitej liczby próbek) każdego dnia wynikała z rozkładu dwumianowego opartego na dniu pobrania wymazu lub, jeśli nie jest to możliwe, dniu pobrania próbki (kurier) lub pierwszego skanowania próbki przez Poczta, jeśli wysłane pocztą. Oszacowaliśmy a posteriori wiarygodne przedziały (CrIs) za pomocą dwuwymiarowego próbnika bez zawracania, zakładając jednakowe wcześniejsze rozkłady prawdopodobieństwa dodatniego wyniku wymazu w dniu zerowym i tempa wzrostu. z parametrem kształtu n=2·29 i parametrem szybkości =0·36 (odpowiadający średniemu czasowi generowania 6·29 dni).14

Do danych dziennych dopasowujemy bayesowski model penalized-spline (P-spline)16, wykorzystując dane ze wszystkich rund REACT-1. Oszacowanie dziennej częstości występowania wymazu z wynikiem dodatnim przy użyciu próbnika bez zawracania w przestrzeni logitowej, z danymi podzielonymi na około 5-odcinki dnia przez regularnie rozmieszczone węzły (zapewniając odpowiednią równowagę między rozdzielczością czasową a wykonalnością obliczeniową), i dalsze sęki zawarte poza okresem badania, aby zminimalizować efekty krawędzi. Dopasowujemy również P-sklejane do danych REACT-1 stratyfikowanych według wieku jak powyżej, w których P-sklejane pasowano oddzielnie do każdej grupy wiekowej, ale za najlepszą uzyskaną wartość dopasowania przyjęto parametr wygładzania ρ aby model pasował do wszystkich danych. Dla jasności, chociaż szacunki opierają się na pełnym zestawie danych REACT-1, tutaj przedstawiamy dane szacunkowe tylko dla dni zbierania danych z 14. rundy.

Oszacowaliśmy skuteczność szczepionki przeciwko zakażeniu SARS-CoV-2, łącząc dane z rundy 13. i 14. w celu zwiększenia mocy statystycznej. Oszacowaliśmy skuteczność szczepionki jako iloraz szans (OR), gdzie OR uzyskano z modelu regresji logistycznej ryzyka dodatniego wyniku wymazu u osób podwójnie zaszczepionych (tj. tych, którym podano dwie dawki, przy czym drugą dawkę podano dłużej niż 14 dni). przed wymazem) i osób nieszczepionych, z korektą na rundę, a następnie dodatkowo na wiek i płeć, a następnie na indeks wielokrotnych kwintylów deprywacji i pochodzenie etniczne. Uzyskaliśmy zgodę Komisji Etyki Badań Naukowych South Central-Berkshire B (Integrated Research Application System [IRAS] ID: 283787).

korzyści z ekstraktu z cistanche

Wyniki

Spośród 822176 osób zaproszonych do udziału w rundzie 14, 147393 (17,9 procent) zarejestrowanych i 100527 (12,2 procent) dostarczyło wymaz z prawidłowym wynikiem RT-PCR, przy czym 87966 (87,5 procent) wyraziło zgodę na połączenie danych . W rundzie 13 zaproszono 841227 uczestników; 147332 zarejestrowanych, a 98233 (66,7 procent) z nich dostarczyło wymaz z ważnym wynikiem RT-PCR. Zebranie połączonych danych z obu rund dało 172862 uczestników, w tym 102142 (49923 w 13 rundzie i 52219 w 14 rundzie) w wieku 18–64 lat, którzy zostali uwzględnieni w naszych analizach skuteczności szczepionek (załącznik str. 7). Opis charakterystyki uczestników REACT-1 z 13 i 14 rundy wykazał, że osoby wyrażające zgodę na połączenie danych częściej byli mężczyznami, w wieku 45 lat lub starszymi, niemieszkającymi w Londynie, White, z jedno- osoby w gospodarstwie domowym i wystąpiły objawy związane z COVID-19-. Większość z tych różnic była stosunkowo niewielka (załącznik p 2). Częstość występowania była nieco wyższa, a wartości Ct dla próbek dodatnich nieco niższe w wymazach pobranych kurierem niż wysłanych pocztą (załącznik s. 3, 8).

Spośród 100527 ważnych wymazów w rundzie 14. 764 było pozytywnych, co dało częstość występowania 0·83 procent (95% CrI 0·76–{{ 57}}·89) ważony tak, aby był reprezentatywny dla populacji Anglii (załącznik p 4). Najwyższą ważoną częstość występowania w okresie 2021 września zaobserwowano u nastolatków w wieku 13-17 lat, na poziomie 2,55 procent (95% CrI 2,11-3,08) oraz u dzieci w wieku 5–12 lat, 2,32 proc. (1,96–2,73; tabela 1, załącznik s. 9). Krzywa P dla rundy 14, dopasowana do danych ze wszystkich rund REACT-1, wskazywała na stabilny lub rosnący trend w częstości występowania wymazów z dodatnim wynikiem (ryc. 1A), z R oszacowanym na 1·{{68} }3 (95% CrI 0·94–1.14) we wszystkich grupach wiekowych łącznie (tabela 2). Dopasowane P-splajny wskazywały na rosnącą częstość występowania w wieku 5–11 lat i malejącą w wieku 18–54 lat (ryc. 1B), z większym niż 99% prawdopodobieństwem a posteriori, że tempo wzrostu różniło się między tymi dwiema grupami. Odpowiednie R wynosiło 1,42 (95% CrI 1,18–1,68), z większym niż 099 prawdopodobieństwem a posteriori, że R było większe niż 1 w wieku 5–11 lat; R wynosiło 0·95 (0·76–1·16), z prawdopodobieństwem a posteriori 0,32, że R było większe niż 1 u osób w wieku 12–17 lat; a R wynosiło 0,81 (0,68–0,97), z prawdopodobieństwem a posteriori 0,01, że R było większe niż 1 u osób w wieku 18–54 lat (tabela 2).

Weighted prevalence also varied by region (table 1; appendix p 9), ranging from 0·57% (95% CrI 0·45–0·72) in the South East to 1·25% (1·00–1·57) in Yorkshire and The Humber. Within round 14, there was evidence of epidemic growth (with a posterior probability greater than 0·99 that R>1) w Londynie, z R 1,59 (95% CrI 1,23–1,99), oraz w East Midlands, z R 1,36 (1,05–1,73; tabela 2) .

Stwierdziliśmy wyższą ważoną częstość występowania wymazu wśród uczestników rasy czarnej (1,41 procent (95% CrI 0·91-2·19), w porównaniu z odsetkami osób rasy białej, 0 ·78 procent (0·72–0·85; tabela 1). Uczestnicy żyjący w większych gospodarstwach domowych mieli wyższą ważoną częstość występowania niż ci w mniejszych gospodarstwach domowych, od 0·33 procent (95% CrI 0·25-0·44) dla osób samotnych gospodarstw domowych do 1,75 procent (1,24–2,46) dla gospodarstw domowych z sześcioma lub więcej osobami (tabela 1). Częstość występowania była również wyższa w gospodarstwach domowych z jednym lub więcej dzieci, na poziomie 1,37 procent (95% CrI 1,22–1,52) w porównaniu z 0·40 procentem ({{4{ {49}}}·35–0·46) dla gospodarstw domowych bez dzieci; a ważona częstość występowania wyniosła 7,35 procent (6,50–8,31) wśród osób, które zgłosiły kontakt z potwierdzonym przypadkiem COVID-19, w porównaniu z 0,43 procent (0,38 –0,49) wśród osób bez takiego kontaktu (tab. 1).

Na podstawie zgłaszanych przez siebie stanów szczepień stwierdziliśmy wyższą częstość występowania wśród nieszczepionych uczestników (w każdym wieku), wynoszącą 1,73% (95% CrI 1,42-2,12), w porównaniu z osobami, które zgłosiły dwie dawki szczepionki, {{8 }}·56 procent ({{10}}·50–0,62; tabela 1).

W analizie regresji logistycznej wielu zmiennych, kluczowi pracownicy inni niż pracownicy służby zdrowia i pracownicy domów opieki mieli zwiększone ryzyko dodatniego wyniku wymazu w porównaniu z innymi pracownikami (OR 1,35 [95 procent CI 1,10–1,66]; tabela 3) . Dodatni wynik wymazu był również wyższy wraz ze wzrostem wielkości gospodarstwa domowego (wzajemnie skorygowany OR 1,77 [95 procent CI 1,44–2–17] dla gospodarstw domowych składających się z trzech do pięciu osób i 2,37 [1,62–3,47] dla gospodarstw domowych sześciu lub więcej osób), w porównaniu do gospodarstw domowych z jedną lub dwiema osobami.

Połączyliśmy powiązane dane dotyczące szczepionek z rund 13. i 14. (ogółem 172862 uczestników, 19325 w wieku)<18 years,="" 102142="" aged="" 18–64="" years,="" and="" 51395="" aged="" ≥65="" years).="" because="" of="" the="" relatively="" small="" numbers="" of="" individuals="" vaccinated="" below="" the="" age="" of="" 18="" years,="" corresponding="" participants="" (n="19325)" were="" excluded="" from="" our="" vaccine="" effectiveness="" analyses.="" weighted="" prevalence="" was="" higher="" for="" those="" who="" received="" their="" second="" dose="" 3–6="" months="" before="" their="" swab="" than="" for="" those="" whose="" second="" dose="" was="" up="" to="" 3="" months="" before="" their="" swab="" (0·55%="" [95%="" cri="" 0·50–0·61]="" vs="" 0·35%="" [0·31–0·40];="" figure="" 2a;="" appendix="" p="" 5).="" the="" weighted="" prevalence="" for="" individuals="" whose="" second="" dose="" was="" administered="" more="" than="" 6="" months="" before="" their="" swab="" was="" similar="" to="" that="" of="" those="" vaccinated="" within="" 3–6="" months="" of="" their="" swab,="" at="" 0·52%="" (95%="" cri="" 0·33–0·78),="" but="" with="" a="" wider="" credible="" interval.="" the="" age="" distribution="" of="" participants="" by="" vaccination="" status="" indicated,="" as="" expected="" from="" the="" age-based="" rollout="" of="" the="" vaccine="" program="" in="" england,="" a="" higher="" proportion="" of="" individuals="" aged="" 35="" years="" and="" older="" among="" those="" who="" had="" received="" two="" vaccine="" doses="" compared="" to="" those="" who="" had="" received="" a="" single="" dose,="" or="" those="" who="" were="" unvaccinated="" (appendix="" p="" 5).="" nevertheless,="" among="" those="" who="" had="" received="" two="" vaccine="" doses,="" we="" observed="" similar="" age="" distributions="" in="" people="" who="" had="" received="" their="" second="" dose="" 3–6="" months="" or="" more="" than="" 6="" months="" before="" swabbing.="" regardless,="" in="" individuals="" aged="" 18="" years="" and="" older="" with="" linked="" data="" on="" vaccination="" status,="" the="" weighted="" prevalence="" in="" unvaccinated="" people,="" at="" 1·76%="" (95%="" cri="" 1·60–1·95),="" was="" three="" to="" five="" times="" higher="" than="" in="" double-vaccinated="" individuals,="" at="" 0·47%="" (0·43–0·51).="" reflecting="" the="" rollout="" of="" the="" vaccine="" program="" in="" england,="" a="" higher="" proportion="" of="" individuals="" who="" were="" unvaccinated="" or="" who="" had="" a="" single="" dose="" of="" the="" vaccine="" were="" younger="" (≤54="" years)="" than="" those="" with="" two="" doses="" (figure="" 2b;="" appendix="" p="" 5).="" however,="" in="" double-vaccinated="" participants,="" there="" was="" an="" apparent="" trend="" of="" increasing="" weighted="" prevalence="" in="" each="" age="" group="" for="" those="" who="" had="" received="" their="" second="" dose="" 3–6="" months="" before="" their="" swab="" compared="" to="" those="" who="" were="" vaccinated="" up="" to="" 3="" months="" before="" (figure="">

Oszacowania skuteczności szczepionek uzyskano na podstawie połączonego zestawu danych dla rund 13 i 14 łącznie dla osób w wieku 18–64 lat, ponieważ niewiele osób w wieku powyżej 65 lat było nieszczepionych (1,1%) i, jak wspomniano, niewiele osób w wieku poniżej 18 lat lat było zaszczepionych (6,3 procent w rundach 13 i 14 łącznie). Dla wszystkich osób w wieku 18–64 lat i wszystkich szczepionek łącznie, skuteczność szczepionki przeciwko infekcji wyniosła 66,3 procent (95% CI 55,3–74,7), z korektą na rundę i 62,8% (49,3– 72,7) w modelu w pełni dostosowanym. W pełni skorygowane oszacowania punktowe skuteczności szczepionki dla szczepionek BNT162b2 (Pfizer-BioNTech) i mRNA-1273 (Moderna) były porównywalne (71,3% w porównaniu z 75,1%, przy znacznie szerszym przedziale ufności dla mRNA{{34 }} [Moderna] ze względu na mniejszą liczbę obserwacji) i wyższą niż oszacowano dla szczepionki ChAdOx1 nCov-19 (Oxford-AstraZeneca) (44,8 procent). Jednak różnice w szacunkach skuteczności szczepionki według typu szczepionki nie osiągnęły istotności statystycznej na poziomie istotności 00,5. Włączenie terminu interakcji dla szczepionki według rundy nie sugerowało modyfikacji efektów w rundach 13. i 14. (dane nie pokazane). Oszacowania skuteczności szczepionki w modelach ograniczonych do przypadków objawowych były podobne do tych z modeli, które obejmowały również przypadki bezobjawowe (tabela 4).

Linie z 475 (62,2%) próbek zsekwencjonowanych wśród 764 dodatnich wymazów były wszystkimi wariantami delta lub podliniami delta. AY.4 była najczęściej wykrywaną sublinią, reprezentującą 61,5% (95% CI 57.0-65.7) zsekwencjonowanych próbek, a siedem próbek z pojedynczymi mutacjami szpikulcowymi będącymi przedmiotem zainteresowania, zgodnie z definicją Publiczną Health England (obecnie brytyjska Agencja Bezpieczeństwa Zdrowia): Glu484Lys, Asn501Tyr, Phe490Ser, Arg246Gly, Val483Phe, Pro251Leu i Gln613His (załącznik str. 6). Zidentyfikowaliśmy 22 próbki (osiem z linii B.1.617.2 i 14 z linii AY.4), w tym mutację Tyr145His w białku wypustek, powiązaną z podlinią delta AY.4.2, co odpowiada 4,63 procent (95% CI 3,07–6,91) wszystkich określonych rodów.

poprawiają odporność kapsułki cistanche

Dyskusja

W tej czternastej rundzie badania REACT-1 stwierdziliśmy zarówno wysoką, jak i rosnącą częstość występowania wymazów z SARS-CoV-2 wśród dzieci w wieku szkolnym w Anglii we wrześniu 2021 r., co odzwierciedla zwiększone mieszanie społeczne dzieci jako uczęszczali do szkoły na semestr jesienny. Jednocześnie stwierdziliśmy zmniejszającą się częstość występowania wśród osób dorosłych w wieku młodym i średnim (18–54 lata). Ta obserwacja może odzwierciedlać efekt wcześniejszego naturalnego zakażenia, zwłaszcza wśród młodszych osób dorosłych, u których odsetek zakażeń był wysoki,17 oraz kontynuację programu szczepień w Anglii. Od kwietnia 2021 r. krajowy program szczepień przeciwko COVID-19 został rozszerzony o osoby dorosłe w wieku poniżej 50 lat18, pojedynczą dawkę szczepionki dla starszych nastolatków (w wieku 16–17 lat) od sierpnia 2021 r. oraz pojedynczą dawkę dla dzieci w wieku 12–15 lat od połowy września 2021 r.

Od połowy do końca grudnia 2021 r. wszystkim dzieciom w wieku 12 lat i starszym podaje się drugą dawkę szczepionki, a trzecią (uzupełniającą) dawkę wprowadza się do populacji dorosłych w wieku 18 lat i starszych. Podobnie jak w naszym poprzednim raporcie19 (runda 13), stwierdziliśmy, że wszystkie zsekwencjonowane wymazy pochodziły z wariantu delta i jego podlinii, co wskazuje na prawie całkowite zastąpienie alfa i innych wariantów przez delta w Anglii w tamtym czasie. Wykryliśmy jedną potencjalną mutację Glu484Lys, która umożliwia ucieczkę, co przekłada się na około 984 takich infekcji w Anglii z niższym 95-procentowym limitem ufności wynoszącym 159. Ogólnie było siedem próbek z pojedynczymi mutacjami szpikulcowymi będącymi przedmiotem zainteresowania, zgodnie z definicją Public Health England. Dodatkowe 22 próbki zawierały mutację Tyr145His w białku wypustek związanym z podlinią AY.4.2.

Odpowiedni stosunek AY.4 wynoszący 4,63 procent (95% CI 3,07–6,91) we wszystkich liniach jest zgodny z 6 procentami przypadków zgłoszonych przez Public Health England w tygodniu rozpoczynającym się 27 września 2021 r. okazały się wysoce skuteczne w zwalczaniu ciężkich powikłań COVID-19, w tym przyjęć do szpitala i zgonów, ale nie ma jasności co do ochrony przed infekcją. Chociaż odnotowano oszacowania skuteczności szczepionki przeciwko zakażeniu sięgające 90 procent, w oparciu o rutynowe badania osób z objawami 21, tutaj podajemy szacunkową skuteczność szczepionki przeciwko zakażeniu wynoszącą 63 procent z rund REACT-1 13 i 14, kiedy dominował wariant delta.

To odkrycie jest podobne do tego, co opisano w połączonych danych dla samych rund 13,19, ale łącząc dane z obu rund 13 i 14 byliśmy również w stanie oszacować skuteczność szczepionki dla ChAdOx1 nCov-19 (Oxford–AstraZeneca) oraz szczepionki BNT162b2 (Pfizer-BioNTech) oddzielnie. Chociaż przedziały ufności pokrywają się, nasze wyniki sugerują wyższą skuteczność przeciwko zakażeniu szczepionką BNT162b2 (Pfizer-BioNTech) niż szczepionką ChAdOx1 nCov-19 (Oxford-AstraZeneca). Większe różnice między szczepionkami odnotowano w poprzednim badaniu,22 oraz przez Public Health England (obecnie brytyjska Agencja Bezpieczeństwa Zdrowia [UK HSA]) na podstawie rutynowych badań przypadków objawowych.23 Niemniej jednak należy zauważyć, że skuteczność szczepionki jest specyficzna dla populacji i czasu, więc szacunki te odzwierciedlają skuteczność szczepionek w Anglii w określonym okresie (tj. czerwiec-wrzesień 2021 r.). Od tego czasu wariant omicron (B.1.1.529) stał się dominujący w Anglii do grudnia 2021 r., a badania przeprowadzone przez brytyjską HSA wykazały niższą skuteczność szczepionki przeciwko objawowym zakażeniom omikronu w porównaniu z delta.24

Nasze badanie pokazuje, że częstość występowania wymazu dodatniego wśród osób nieszczepionych (w tym wszystkich dzieci w wieku 5–11 lat) lub osób, które otrzymały jedną dawkę szczepionki (w tym dzieci w wieku 12–17 lat) była trzy do czterech razy wyższa niż u osób podwójnie zaszczepionych , ale sugeruje również, że częstość występowania wymazów wskazujących na przełomowe zakażenia po szczepieniu dwudawkowym może wzrosnąć po 3–6 miesiącach. Ponadto stwierdziliśmy, że osoby mieszkające w większych gospodarstwach domowych oraz osoby mieszkające w gospodarstwach domowych z dziećmi miały wyższy wskaźnik pozytywnych wyników wymazu niż osoby z mniejszych gospodarstw domowych lub osoby bez dzieci w gospodarstwie domowym. Stwierdzenie najwyższego ważonego poziomu częstości występowania w wymazach podczas rundy 14. u dzieci w wieku 5–11 lat i 12–17 lat budzi niepokój w przypadku klinicznie skrajnie wrażliwych dzieci, a także klinicznie skrajnie wrażliwych bliskich kontaktów, w tym członków gospodarstwa domowego i personelu szkolnego.

Od końca grudnia 2021 r. wrażliwym klinicznie dzieciom w wieku 5–11 lat zostaną zaoferowane dwie dawki szczepionki. Istnieją również obawy dotyczące wpływu na edukację dużej liczby dzieci, które muszą być poza szkołą, gdy wynik testu jest pozytywny, ze względu na wysoki odsetek zakażeń SARS-CoV-2. Odkrycie, że częstość występowania była ponad trzykrotnie wyższa w przypadku osób w gospodarstwach domowych z jednym lub większą liczbą dzieci niż w przypadku osób w gospodarstwach domowych bez dzieci, sugeruje, że infekcje u dzieci, jak można się spodziewać, rozprzestrzeniły się na inne grupy wiekowe. Wyższe miano wirusa związane z wariantem delta u młodszych osób w porównaniu z wcześniejszymi wariantami25-27 może również zwiększać skuteczność przenoszenia u dzieci, a zatem przyczyniać się do wyższych zakażeń wewnątrzdomowych. Na dzień 27 września 2021 r. tylko 1214 (6,3 procent) dzieci w wieku 12-17 lat zostało zaszczepionych w badaniu REACT-1, co nie pozwoliło na znaczące rozszerzenie naszych analiz skuteczności szczepień na tę grupę wiekową w runda 14.

Dalsze badania skuteczności szczepionek są uzasadnione, biorąc pod uwagę szybki wzrost liczby zakażeń omikronowych w Anglii, począwszy od grudnia 2021 r., oraz wprowadzenie podwójnych dawek szczepień u dzieci w wieku szkolnym w wieku 12-15 lat, dawek przypominających w wieku 16-17 lat oraz u dorosłych w wieku 18 lat i starszych. Ponadto badania społecznościowe, takie jak REACT-1, umożliwiają oszacowanie skuteczności szczepionki przeciwko zakażeniom u osób z zakażeniami bezobjawowymi i objawowymi. Chociaż po kampanii szczepień w Anglii doszło do względnego rozłączenia między zakażeniami SARS-CoV-2 a przyjęciami do szpitala i zgonami,2 pozostają obawy co do możliwości wysokiego wskaźnika zakażeń i niepełnej odporności populacji, co może skutkować zwiększonym ryzykiem ciężkie powikłania związane z COVID-19. Anglia, podobnie jak reszta Wielkiej Brytanii i kilka innych krajów (zwłaszcza Izrael28), rozpoczęła kampanię na rzecz wprowadzenia trzeciej (wzmacniającej) dawki – od października 2021 r. w Anglii. Początkowo obejmowało to priorytetowe traktowanie dorosłych w wieku 50 lat i starszych, pracowników opieki zdrowotnej i społecznej oraz młodszych osób zagrożonych, ale następnie wdrożenie rozszerzono na wszystkich dorosłych w wieku 18 lat i starszych z końcem grudnia 2021 r.29 Stałe monitorowanie Epidemia w Anglii i gdzie indziej będzie ważna dla oceny stopnia, w jakim dawki przypominające u dorosłych i szczepienia u dzieci ograniczają przenoszenie nowych wariantów SARS-CoV-2, takich jak wariant omikronowy.

Nasze badanie ma ograniczenia. Odkąd badanie REACT-1 rozpoczęło zbieranie danych w maju 2020 r., zaobserwowaliśmy stopniowy spadek odsetka odpowiedzi, z 30,5% w rundzie 1 do 11,7% w rundzie 13. Jednak w rundzie 14 odpowiedź stawka nieznacznie wzrosła do 12,2 proc. Ten wzrost, choć niewielki, jest zachęcający. Możliwe, że dalsze zmiany w ankiecie mogą jeszcze bardziej zwiększyć udział. Zmiana na używanie mokrych wacików w roztworze soli fizjologicznej i pobieranie próbek bez łańcucha chłodniczego (pocztą lub kurierem) może wpłynąć na czułość diagnostyczną. Uspokoiły nas niewielkie różnice między próbkami pobranymi pocztą i kurierem.

Jednakże, ponieważ dokładny system zastosowany w poprzednich rundach (suche wymazówki i przedłużone chłodzenie) nie został porównany w przybliżeniu, nie mogliśmy oszacować wpływu nowego podejścia w porównaniu z tym stosowanym w poprzednich rundach. Kolejnym ograniczeniem jest to, że nie mamy dokładnych danych na temat stanu szczepień wszystkich uczestników. Chociaż zgoda na powiązanie danych była na wysokim poziomie (87,5 procent w rundzie 14), nie wszyscy uczestnicy wyrazili zgodę na powiązanie ze swoimi danymi NHS, które obejmują dane z programu szczepień przeciw COVID-19. W przypadku osób, których dane nie są powiązane, brakuje danych o datach szczepienia i rodzaju szczepionki lub są one mniej wiarygodne niż w danych powiązanych; dlatego oparliśmy nasze szacunki skuteczności szczepionek na podzbiorze uczestników z powiązanymi rekordami. Takie podejście mogło wprowadzić stronniczość do tego stopnia, że ​​ci, którzy zgadzają się i nie wyrażają zgody na powiązanie danych, mogą się różnić pod wieloma względami, takimi jak wzorce mieszania społecznego, które mogą wpływać na ryzyko infekcji.

Dodatkowo, dla naszych szacunków skuteczności szczepionki według typu szczepionki, mimo że w naszej próbce kontrolowaliśmy wiek i okrągłość, amplituda różnic między szczepionkami może być przesadzona. Dzieje się tak, ponieważ istniały różne wzorce podawania szczepionki zależne od wieku (ze szczepionką ChAdOx1 n Cov-19 [Oxford–AstraZeneca] podawano głównie osobom w wieku powyżej lub równym 40 lat), a także różnice w dynamika transmisji dla grup wiekowych, które otrzymały różne szczepionki. REACT-1 nie był na boisku w sierpniu 2021 r., więc między końcem 13. rundy 12 lipca a początkiem 14. rundy 9 września 2021 r. nastąpiło opóźnienie o prawie 2 miesiące.

Chociaż możliwe jest, że szacunki skuteczności szczepionki mogą się różnić w tym okresie, nie znaleźliśmy dowodów na interakcję między działaniem rundy a działaniem szczepionki. Podsumowując, znaleźliśmy dowody na coraz częstsze występowanie dodatniego wymazu wśród dzieci w wieku szkolnym, a także częstsze występowanie dodatniego wymazu 3–6 miesięcy po szczepieniu dwoma dawkami przeciwko COVID-19 u dorosłych. Trwające wysiłki mające na celu zaszczepienie dzieci w wieku szkolnym i podanie dawki przypominającej wszystkim dorosłym w wieku 18 lat i starszym powinny pomóc w przeciwdziałaniu wszelkim obniżeniom odporności zarówno na poziomie indywidualnym, jak i populacyjnym. W sezonie zimowym w Anglii NHS zwykle jest pod wpływem grypy i innych wirusów, co pogorszyło się w grudniu 2021 r. przez szybki wzrost zakażeń omikronami. Dlatego ważne jest, aby program szczepień utrzymywał wysoki zasięg, w tym dawki przypominające, i docierał do wysokiego odsetka dzieci oraz nieszczepionych lub częściowo zaszczepionych dorosłych, aby ograniczyć przenoszenie SARS-CoV-2 i związane z tym zakłócenia w pracy i edukacji.

suplement cistanche tubolosa: poprawa odporności

Bibliografia

1 Wspólny Komitet ds. Szczepień i Szczepień. Porady dotyczące grup priorytetowych do szczepień przeciwko COVID-19, 30 grudnia 2020 r.

2 Riley S, Wang H, Eales O i in. Raporty 12. rundy REACT-1: ponowne pojawienie się infekcji SARS-CoV-2 w Anglii związane ze zwiększoną częstością występowania wariantu Delta. medRxiv 2021; opublikowano w Internecie 21 czerwca.

3 NHS Anglia. szczepienia przeciwko COVID-19.

4 Brytyjski Departament Edukacji. Wskazówka: działania dla szkół podczas epidemii koronawirusa. 2 lipca 2020 r.

5 Wiadomości BBC. Pierwsi szkoccy uczniowie wracają do szkoły na nowy semestr powyżej poziomu zerowego. BBC.

6 Riley S, Ainslie KEC, Eales O, et al. Odrodzenie SARS-CoV-2: wykrycie przez nadzór wirusowy społeczności. Nauka 2021; 372: 990–95.

7 Riley S, Atchison C, Ashby D, et al. Ocena w czasie rzeczywistym transmisji przez społeczność (REACT) wirusa SARS-CoV-2: protokół badania. Witamy Otwarte Res 2020; 5:200.

8 Szybki protokół sekwencjonowania J. nCoV-2019 v3 (Locost). 2020; opublikowane online 25 sierpnia. https://www.protocols.io/view/ncov-2019-sequencing-protocol-v3-Locost-bh42j8ye (dostęp 4 maja 2021 r.).

9 Baker DJ, Aydin A, Le-Viet T, et al. CoronaHiT: wysokoprzepustowe sekwencjonowanie genomów SARS-CoV-2. Genom Med 2021; 13:21.

10 [Brak wymienionych autorów]. Rurociąg Nextflow do obsługi narzędzi bioinformatyki terenowej sieci ARTIC. Github.

11 [Brak wymienionych autorów]. Przypisanie filogenetyczne nazwanych linii globalnych epidemii (PANGOLIN). Github.

12 Sharot T. Ważenie wyników ankiety. J Mark Res Soc 1986; 23: 269–84. 13 Hoffman MD, Gelman A. Próbnik bez zawracania: adaptacyjne ustawianie długości ścieżek w hamiltonie Monte Carlo. J Mach Dowiedz się Res 2014; 15: 1533–623.

14 Bi Q, Wu Y, Mei S, i in. Epidemiologia i transmisja COVID-19 w 391 przypadkach i 1286 ich bliskich kontaktach w Shenzhen w Chinach: retrospektywne badanie kohortowe. Lancet Infect Dis 2020; 20: 911-19.

15 Wallinga J, Lipsitch M. Jak przedziały pokoleniowe kształtują związek między tempem wzrostu a liczbą rozrodczą. Proc Biol Sci 2006; 274: 599–604.

16 Lang S, Brezger A. Bayesian P-Splines. J Comput Graph Stat 2004; 13: 183–212.

17 Urząd Statystyczny. Najnowsze spostrzeżenia dotyczące koronawirusa (COVID-19): infekcje. 7 stycznia 2022 r.

18 Brytyjski Departament Zdrowia i Opieki Społecznej. Komunikat prasowy: Wielka Brytania wchodzi w kolejną fazę wprowadzania szczepionek, ponieważ cel rządu został osiągnięty wcześnie. 13 kwietnia 2021 r.

19 Elliott P, Haw D, Wang H i in. Wykładniczy wzrost, wysoka częstość występowania SARS-CoV-2 i skuteczność szczepionki związana z wariantem Delta. Nauka 2021; 374: eabl9551.

20 Brytyjska Agencja Bezpieczeństwa Zdrowia. Warianty SARS-CoV-2 budzące zastrzeżenia i warianty badane w Anglii. Odprawa techniczna 25. 15.10.2021.

21 Lopez Bernal J, Andrews N, Gower C, et al. Skuteczność szczepionek Covid-19 przeciwko odmianie B.1.617.2 (Delta). N Engl J Med 2021; 385: 585–94.

22 Pouwels KB, Pritchard E, Matthews PC, et al. Wpływ wariantu Delta na obciążenie wirusem i skuteczność szczepionki przeciwko nowym zakażeniom SARS-CoV-2 w Wielkiej Brytanii. Narodowa Środa 2021; opublikowane online

23 Zdrowie publiczne Anglia. Sprawozdania z nadzoru szczepień przeciwko COVID-19 (tygodnie od 19 do 38). 14 maja 2021 r.

24 Brytyjska Agencja Bezpieczeństwa Zdrowia. Warianty SARS-CoV-2 budzące zastrzeżenia i warianty badane w Anglii. Informacje techniczne: aktualizacja dotycząca hospitalizacji i skuteczności szczepionek dla Omicron VOC-

25 Jones TC, Biele G, Mühlemann B, et al. Szacowanie zakaźności podczas przebiegu zakażenia SARS-CoV-2. Nauka 2021; 373: eabi5273.

26 Bellon M, Baggio S, Jacquerioz Bausch F, et al. Kinetyka miana wirusa koronawirusa 2 ostrego zespołu oddechowego (SARS-CoV-2) u dzieci, młodzieży i dorosłych z objawami. Clin Infect Dis 2021; 73: e1384–86.

27 Li B, Deng A, Li K i in. Zakażenie i przeniesienie wirusa w dużej, dobrze prześledzonej epidemii wywołanej przez wariant SARS-CoV-2 Delta. MedRxiv 2021; opublikowane w Internecie 23 lipca.

28 Bar-On YM, Goldberg Y, Mandel M i in. Ochrona szczepionki przypominającej BNT162b2 przeciwko Covid-19 w Izraelu. N Engl J Med 2021; 385: 1393–400.

29 Brytyjska Agencja Bezpieczeństwa Zdrowia. Szczepienie przeciw COVID-19: przewodnik po szczepieniu przypominającym dla osób w wieku 40 lat i starszych.